FF4にはいくつかの期間限定ダンジョンがあります。「ゾットの塔」「バブイルの塔（地底）」「バブイルの塔（地上）」「バブイルの塔（巨人）」の4つです。

上記のうち、「バブイルの塔（地底）」だけは一度クリアしたあとも「封印の洞窟」をクリアするまでは再入場することが可能ですが、他の3つはクリアするとすぐに再入場不可能になるため要注意です。

モンスター図鑑は他のセーブデータと共有されるため、メインのセーブデータで完成させることができなくても他のセーブデータで埋めに行けばOKなので、クリア前のセーブデータを残しておくことを推奨します。

「ゾットの塔」は一度クリアすると再び入ることのできないダンジョンです。そのためここにしか出現しないモンスターは取り逃し要素となります。クリア前に全て図鑑登録されているかチェックしておきましょう。

一部は「バブイルの塔（地底）」にも出現しますが、ここも再入場不可能なダンジョンなので「ゾットの塔」で登録出来るモンスターは済ませておきましょう。

「バブイルの塔（地底）」は期間限定のダンジョンです。クリア後すぐに入ることができなくなるわけではなく、「封印の洞窟」をクリアすると入ることができなくなります。

ここにしか出現しないモンスターは取り逃し用ととなりますが、特に注意したいモンスターは「ナーガ」です。このモンスターは通常エンカウントはせず、「アイズ」の召喚によってのみ出現します。

「マザーラミア」と「ミスリルゴーレム」は地上側から落ちてきたエリアにしか出現しないので、地底側から行けるエリアには出現しません。

「バブイルの塔（地上）」もクリア後は再入場できなくなるので注意が必要です。「バブイルの塔（地底）」は「封印の洞窟」をクリアするまでは入ることが可能ですが、「バブイルの塔（地上）」は一度クリアすると入ることができなくなってしまいます。

下記のモンスターの他にも、地上側から地底側へ落ちて着地したフロアにしか出現しない「マザーラミア」「ミスリルゴーレム」の登録し忘れにも注意です。

「バブイルの巨人」は一度クリアしてしまうと再び入ることのできない期間限定ダンジョンです。全てここにしか出現しないモンスターなので全て登録しておくようにしましょう。

「ラストアーム」はセーブポイントの近くにある宝箱から出現します。

「機械竜」は出現率は低いですが、「巨人の腹」で「アラーム」を使うと確定で出現します。

「シルフの洞窟」の南側の地域というかなりピンポイントな場所に専用のエンカウントテーブルが用意されています。「シルフの洞窟」周辺ではなく、ワールドマップ上の「シルフの洞窟」の南側であることに注意してください。ここにしか出現しないモンスターや、この場所限定ではありませんが「グリーンドラゴン」「イエロードラゴン」とも会うことができるのでモンスター図鑑完成のためには外せないポイントです。

「グリーンドラゴン」と「イエロードラゴン」は通常エンカウントはせず、「ミステレグ」からの孵化によってのみ出現します。「アラーム」を使って呼び出した「ミステレグ」からは確定で「イエロードラゴン」が出現するので活用しましょう。

実際には「トメラの村」の周辺というよりは地底世界の南部の地域と出現範囲は広いですが、わかりやすくこのような表現にしています。

ここにしか出現しないモンスターというわけではなく、「シルフの洞窟」の周辺にも出現するので既に全て遭遇している場合もあるかもしれません。

ただ、地底世界は飛空艇ファルコン号入手後はあまりワールドマップ上を歩いたりせず飛空艇での移動が多いので、狙って会いに行かないと中々遭遇できなかったりもします。

「バブイルの塔（地上）」では「ソーサラー」が呼び出すことで出現します。「ソーサラー」は「グリーンドラゴン」のみを呼び出すわけではなく、戦闘開始時にいくつかのパターンの中からランダムで選ばれます。戦闘開始時にどのモンスターを呼び出すかは決まっているため、ハズレの「ソーサラー」は同じバトルで粘っても「グリーンドラゴン」を呼び出すことはありません。

逆に「グリーンドラゴン」を呼び出す「ソーサラー」はひたすら「ソーサラー」のみを呼び出し続けます。

「ソーサラー」に召喚を使わせるためには一緒に出現するモンスターを倒して「ソーサラー」のみ残っている状態にする必要があるので、まずは一緒に出てきたモンスターを倒しましょう。

なお、「バブイルの塔（地上）」の巨人は期間限定ダンジョンのため一度クリアすると入り直すことはできません。その場合は「シルフの洞窟」の南側の地域に出現する「ミステレグ」からの孵化でも出会うことができます。

「ミステレグ」から孵化するモンスターも戦闘開始時に決まっており、「グリーンドラゴン」が出てくるまで粘る必要があります。「アラーム」を使っても「ミステレグ」を出現させることは可能ですが、「イエロードラゴン」が孵化してしまうため「グリーンドラゴン」狙いである場合は使えません。

「幻獣の洞窟」で「アラーム」を使うと確定で出現します。通常エンカウントではかなり出現率低めです。

「イエロードラゴン」は「封印の洞窟」に出現する「アサルトドアー」が瀕死状態になると呼び出します。ただし「アサルトドアー」と戦える回数には制限があるうえHPの調整が難しいので、もっと簡単な方法があります。

最も簡単に出会える場所は「シルフの洞窟」の南側の地域です。ここで「アラーム」を使って出現する「ミステレグ」からは確定で「イエロードラゴン」が出現します。通常エンカウントはなく、「ミステレグ」からの孵化でのみ会うことが可能です。

期間限定ダンジョンである「バブイルの巨人」にしか出現しないモンスターのため、取り逃し要素です。

「バブイルの巨人」の中の「巨人の腹」で「アラーム」を使うと確定で出現させることができます。フースーヤを仲間に加えてから地上世界へ戻ると自動的に「バブイルの巨人」へ突入してしまうため、その前に「ハミングウェイの住処」で「アラーム」を購入しておくようにしましょう。

「バブイルの巨人」内に出現する「サーチャー」が呼び出すこともあります。

「月の地下渓谷」B5Fの右下の小部屋で「アラーム」を使うと確定で出現します。

「ピンクのしっぽ」集めのために嫌というほど狩ることになるので知名度の高いモンスターではありますが、出現エリアがピンポイントすぎるため知らないと普通は遭遇できないモンスターです。