序盤から中盤にかけては特にオススメの場所はなく、素直にストーリーを進めてその場面でレベル上げをしたほうが良いでしょう。

明らかに効率の良いレベル上げポイントが出てくるのは潜水艦入手後になります。

潜水艦入手後に地上世界のフィールド南東にある小島付近の海底に海底洞窟があります。

ここに出現するモンスターはそれまでと比べて非常に経験値が高く、一度の戦闘で7000～10000以上の経験値を獲得できます。レベル35くらいまでは海底洞窟で良いでしょう。

他にもインビンシブル入手後になりますがバハムートの洞窟も経験値が高くて敵はそれほど強くないのでオススメです。

これをやってしまうとゲームがあまり面白くなくなってしまうかもしれないので注意してください。Steam版ではできますが、iOSやAndroid版では未確認です。ボタンを押しっぱなしにしておく必要があるので、そういう外部アプリを使用すればスマホでもいけるかもしれません。（自己責任でお願いします）

潜水艦で海底に潜り、フィールド南端（北端でもOK)で移動十字キーを左か右に固定すると、フィールドを横に無限ループで移動します。

これを利用し、コンフィグで「オートバトル継続」をONにした状態で輪ゴムや重りなどを駆使して移動キーを固定し、決定ボタンをガムテープなど何でもいいので押しっぱなしの状態にすれば移動と戦闘がひたすら続きます。一晩寝かせればジョブ熟練度99、レベルもMAX付近までいくでしょう。

戦闘中はMPを消費しない回復手段を持っている吟遊詩人の「癒しの歌」を使うようにしておくと良いです。

オニオンシリーズの武器・防具を揃えるにはどのみちクリスタルタワーで三色ドラゴンを狩りまくる必要があるので、終盤のレベル上げはオニオン集めと同時進行で進めるのが合理的です。

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ラストダンジョンだけあって出現するモンスターの経験値も非常に高く、ここでひたすら一日中モンスターを狩り続けていればレベル99まで上がります。

オニオン集めに特化するなら三色ドラゴン以外は全逃げ、レベル上げも兼ねるなら三色ドラゴン以外も倒すのが良いでしょう。

ちなみに私がやったときは開始（レベル55）から約18時間で全員レベル99、オニオン装備も全員分揃いました。