ボス：アモン

HP23000。「バリアチェンジ」で弱点属性を変化させてきます。「炎」「冷気」「雷」以外の全ての属性に耐性持ちです。物理攻撃はあまり効かないので魔法攻撃でダメージを与えていきましょう。B7Fのショップで「フレア」「メテオ」「バハムル」を購入してから戦うことで弱点属性の変化を気にせず無属性で大ダメージを与えることが可能です。

ボス：くのいち

HP19000。ほぼ全属性に耐性があるため属性付きの武器を装備させないようにしましょう。エアロガを使われると一発で1000以上のダメージを食らうのでリフレクをかけておくといいでしょう。回復役は1人いれば十分です。

他のボスと同様、B7Fのショップで「フレア」「メテオ」「バハムル」を購入してから戦うことで楽に倒せます。

ボス：ジェネラル

HP25000。このボスもほぼ全属性に耐性があるので武器の属性には注意です。他のボスと同様、B7Fのショップで「フレア」「メテオ」「バハムル」を購入してから戦うことで楽に倒せます。

ボス：スキュラ

HP25000。全属性に耐性あり。武器の属性に注意です。倒すと「賢者」「忍者」が手に入るので他のボスより優先して倒しておくといいですが、エウレカのボスの中では比較的強めです。「フレア」と「ホーリー」を頻繁につかってきて、一発で2000以上のダメージを食らうのなるべく見方に白魔法「リフレク」をかけておきたいところ。石化攻撃はエウレカB2Fで手に入る「リボン」で防ぐことができるので回復役に装備させておきましょう。攻撃手段は無属性魔法である黒魔法「フレア」「メテオ」か、召喚の「バハムル」がオススメです。

ボス：ガーディアン

HP23000。全属性に耐性あり。武器の属性に注意です。「リフレク」を使ってくるので「フレア」を反射されないように気をつけてください。「バハムル」または「メテオ」なら「リフレク」がかかっていても貫通してダメージを与えることができます。

ボス：魔王ザンデ

HP38000、全属性へ耐性あり。「ファイガ」「ブリザガ」「サンダガ」などの魔法を連発してきますが、警戒すべきは残り10000を切ったあたりから使ってくる「メテオ」です。これを使われると全体に1500近くのダメージを食らうためそれまで優位に戦えていても一発逆転で全滅する恐れもあります。なので常に2000以上を維持し、ある程度ダメージを与えたら一気に片付けてしまうと良いでしょう。

ザンデは全ての属性に耐性を持っているので「円月輪」など無属性の武器を装備させて通常攻撃「たたかう」か、黒魔法「フレア」、召喚魔法「バハムル」あたりで攻撃するのがオススメです。

ボス：ケルベロス

北西のフロアのボスです。HP60000、全属性に耐性あり。～ガ系の魔法と全体攻撃の「雷」などを使ってきます。攻撃するときは無属性魔法である「フレア」や「バハムル」がオススメです。ダイヤシリーズの防具を装備させて雷属性のダメージを軽減しておくと多少楽になるでしょう。

ボス：2ヘッドドラゴン

北東のフロアのボスです。HP65000、全属性に耐性あり。攻撃力が非常に高いですが、通常攻撃しかしてきません。なので物理防御力を重視した装備で固めておきましょう。

アタッカー2人＋回復2人であれば負ける可能性は低いと思いますが、もし攻撃に耐えられるようであれば「円月輪」＋「盾」の組み合わせを忍者に装備させて、後列から攻撃させましょう。長期戦でも良ければ安全に戦えます。

ボス：エキドナ

南西のフロアのボスです。HP70000、全属性に耐性あり。「フレア」「メテオ」など強力な魔法攻撃を連発してきます。

それ以上に脅威なのは即死魔法の「デス」です。ただし「デス」は「リボン」を装備させることで防ぐことができるので、回復役に優先して装備させておきましょう。安全に戦うのであれば、まず4人分の「リボン」を揃えてから挑むと良いです。

ボス：アーリマン

南東のフロアのボスです。HP75000、全属性に耐性あり。4体のボスの中ではおそらく一番強いので最後に戦うと良いです。

「メテオ」「クエイク」など強力な全体攻撃魔法を連発してくるので、毎ターン「ケアルダ」「ケアルガ」で回復しないと厳しいです。逆にそれさえ耐えることができれば負ける要素はかなり少なくなるので、「導師」をパーティに2人いれてMP切れに注意しつつ全体化の「ケアルダ」「ケアルガ」を毎ターン使っていきましょう。

ボス：暗闇の雲

今作のラスボスです。HP120000。毎ターン波動砲を使ってくるので波動砲のダメージ（最大2000弱程度）を上回る回復量がないとキツイです。熟練度がある程度ある「導師」がいればケアルガだけで事足りるでしょう。ただし暗闇の雲はHPが非常に高いので「ケアルガ」を連発していたらMP切れを起こす可能性があります。そのときは「エリクサー」を惜しむことなく使ってしまいましょう。

FF3ピクセルリマスターはクリア後にクリアデータのセーブが行われますが、ラスボス戦で使ったアイテムは元に戻っているので節約しなくて大丈夫です。「暗闇の雲」に最も効率よくダメージを与えられる手段は「忍者」で「手裏剣」を投げることです。「禁断の地エウレカ」で購入できます。それ以外だと全属性耐性持ちを考慮して無属性の「フレア」や「バハムル」が良いでしょう。