魔石にはセットした状態でレベルが上がると「力+2」のように基礎能力値が上昇するボーナスが付いているものがあり、それを魔石ボーナスと言います。

ボーナスの数値は魔石によって異なり、魔石ボーナスが付いていない魔石もあります。

力+2や魔力+2の魔石ボーナスを持ったビスマルク、ゾーナ・シーカーは比較的序盤で手に入りますが、他の優秀なボーナスの魔石が手に入るのは終盤です。魔石ボーナスはレベルアップの瞬間だけセットしていればOKなので、なるべくレベルアップのときはビスマルクかゾーナ・シーカーをセットするようにして力と魔力を強化していきましょう。

HP
ほとんどのキャラはレベル99時点で9700～9800になります。HPを9999にしたい場合はバハムートの「HP+50%」を活用しましょう。
HPはレベルによって上昇幅が異なるため、+50%を最大限に活かすために最もHP上昇率の高いレベル65～72の間でバハムートをセットしレベルを3上げましょう。
グリーンベレーやレッドキャップなどHP上昇補正の付いた防具を装備する場合は魔石ボーナスを使わなくてもHP9999になります。

MP
ロック、エドガー、マッシュ、シャドウ、カイエン、セッツァーはレベル99にしてもMP999になりません。他のキャラは魔石ボーナス無しで99に達します。
マッシュ以外はレベル98→99になるときにMP+50のボーナスがあるジハード（ピクセルリマスター版ではドゥームズデイ）をセットしてレベルを1上げればOKです。マッシュは97→99まででレベル2上げるか、レベル1で済ませたい場合はレベル14～17間で1上げます。

力
物理攻撃のダメージ量に影響します。ロック、エドガー、カイエンは力をメインに強化していくと良いでしょう。ロックは皆伝の証+源氏の小手で8連続攻撃をやるなら力120程度まで、エドガーもオートボウガンを使っていくなら力128まで強化する価値ありです。ドリルなら力を上げずに9999ダメージ安定します。カイエンは必殺剣「烈」のダメージが9999×4になる力64まで強化しましょう。

魔力
レベル99にしたときにアルテマで9999ダメージ安定に必要な魔力が48、ケアルガ(全体がけ）で回復量9999安定に必要な魔力が110です。
アルテマを使わせていくキャラは魔力48までは育てましょう。ケアルガ9999は求めず残りは素早さ全振りで良いのではないでしょうか。

体力
リジェネの回復量に影響します。強化してもほとんど意味無いので放置でOKです。

素早さ
重要度が非常に高く、ATBゲージの蓄積スピードに影響して高いほど戦闘中素早く行動できます。魔力or力を十分な数値まで強化したら基本的に残りは全て素早さに振っていけばOKです。
ピクセルリマスター版ではオーディンの魔石ボーナスが素早さ+1から+2に変更されたので、素早さ強化がしやすくなりました。

FF6は魔石ボーナスに能力値が上がっていきますが、レベルアップにより上昇するのはHPとMPのみでそれ以外は初期能力値から固定です。HP・MPも上昇幅にランダム要素はなく完全固定となっているため魔石ボーナス無しだと全員以下の表の通りのステータスになります。

重要なのは赤字で示している魔石で、特に注意すべきはオーディンの「素早さ+2」です。オーディンは古代城地下にある像を調べるとイベントでライディーンに変化してしまうため、素早さ+2のボーナスがある魔石は無くなってしまいます。

ライディーンへの変化はストーリー上必須ではなくので、キャラ全員の素早さ育成が終わるまではオーディンのままにしておきましょう