塔の中に入るとすぐにドルクレイと戦闘になります。

ドルクレイを倒したら次のマップで左手側にある石の柱を倒して橋を作り、先へ進みます。

水流に乗って最下層へ。その後は赤い木の根のようなものを渡って上層方向へと進んでいきます。

赤い木の根を登って上層方向へ進んでいくと、最初の石の柱を倒したマップに別方向から出ます。すぐ近くにまた別の石の柱があるので、それを倒して道を作りましょう。一度道を作ると脱出してもそのままなので、一度外観へ出てセーブをしても良いかもしれません。途中、虹色の貝殻が入った宝箱のあるマップの中段右側の通路へ進むとジャネスの最強武器「ニジニンジン」の入った宝箱があります。

新たに作った道の方向へ進んでいくと、ドルマグマと戦闘に。

どんどん奥へと進んでいくと、蛇骨館の図書館のマップにたどり着きます。図書館にいるガッシュと会話をしましょう。

ガッシュと会話後、引き返すと先程は無かった道ができています。北側方向へ進み、奥でドルウィンドと戦闘に。ちなみにドルウィンドと戦う1つ前のマップではエレメント「ウルトラノヴァ」が手に入ります。北側に下層へ降りる階段があるので、そこから降りてぐるっと回って宝箱の場所までいきましょう。（下画像を参考）

昇降機で上層へ登りましょう。

セーブポイントのあるマップから左側へ進んでいき、先端でドルヘビィと戦闘に。

セーブポイントのあるマップから今度は右側へ進んでいき、先端でドルホーリーと戦闘に。

ドルヘビィとドルホーリーを倒すと、セーブポイントのあるマップの北側から先へ進めるようになります。奥の部屋でドルアイスと戦いましょう。

昇降機で最上階まで登ると、ボス「時を喰らうもの」と戦闘になります。

時を喰らうものを倒すと、キーアイテム「時のたまご」が手に入り、自動的に星の塔を脱出します。

Hオパーサの浜へ向かい、海岸付近に新たに出現している紫色の時空のゆらぎに近づき、時のたまごを使いましょう。

すぐにラスボス「時を喰らうもの」と戦闘になります。

ラスボスとの戦いは倒し方によってグッドエンディングとバッドエンディングに分岐します。

まずは準備として虹属性エレメント「クロノクロス」を入手しておきましょう。

ラスボスとの戦闘が始まったら、エレメント属性を黄→赤→緑→青→黒→白→虹（虹はクロノクロス）の順番で使うと戦闘が終了し、グッドエンディングを見ることができます。 エレメントの順番は敵が使ってきたエレメントも含まれてしまうため、敵のターンの直後に一気に順番通りにエレメントを使っていく必要があります。準備としてまず適当に通常攻撃をしてグリッドLv最大までゲージを溜めましょう。そのあと防御を繰り返してスタミナを全回復させたら順番通りにエレメントを使っていきます。

バッドエンディングを見る場合は普通にラスボス「時を喰らうもの」を倒せばOKです。むしろこちらが正攻法に見えますが、結末はバッドエンディングになります。

グッドエンディング、バッドエンディングのどちらでもエンディング後にセーブをすることができ、そのセーブデータでゲームを再開すると強くてニューゲームで二週目へと突入することができます。詳しくはこちらの攻略チャートを御覧ください。 強くてニューゲームはキャラクターの強さや装備を引き継いでゲームを最初からプレイすることがシステムです。これを繰り返すことで一周目では仲間にすることができなかったキャラを仲間にしたり、スターレベル（★）を最大99まで上げることができます。